萱草的主要病害有锈病、叶枯病等；主要虫害有金龟了、尺蠖等。锈病病发初期，叶片上会有褪绿白点状病斑，逐渐会发展为黄或锈黄色脓疱状小点，成熟后皮破会散发出黄粉。锈病可用500倍代森锌水溶液喷洒预防。病发初期。
要用300倍敌锈钠水溶液喷洒治理，每10天喷一次。害虫金龟子，主要危害是咬食萱草的幼芽、叶片、花、花蕾，每年发生一代，危害期是5-8月。可喷洒000倍乐果水溶液治理。尺蠖，主要危害是啃食萱草叶片，伤害性大。防治可用50%杀暝松1000倍水溶液喷洒，也可在早春时节，挖除越冬虫蛹消灭之。
