萱草的主要病害是锈病、叶斑病和叶枯病；虫害是蚜虫、蜗牛、金龟子和红蜘蛛。
1.病害防治 锈病、叶斑病和叶枯病是萱草极易发生的病害。锈病为真菌性病害，是萱草中后期的主要病害，5月上旬开始发生，六七月最为严重，直到10月以后才逐渐停止，危害叶片、花苔。叶片最初产生少量黄色粉状斑点，后逐渐扩展到全叶，以致全株枯死。发病时可喷施25%的粉锈宁可湿性粉剂200倍液或65%的代森锌500倍喷雾防治。叶斑病由镰孢霉属真菌引起，是萱草苗期的主要病害，3月底至4月初开始发病，4月中下句至5月中下旬是发病高峰。可喷洒波尔多液或石硫合剂进行防治。叶枯病由刺盘孢属病原真菌引起，是继叶斑病后发生的苗期病害。一般5月上旬开始发病，6月上中旬最为严重，主要危害叶片，也危害花苔。从幼苗时便发病，叶片中部边缘初产生水渍状小点以后逐渐向上下蔓延，形成褐色条斑，最后至灰白色，严重时全叶枯死。可用50%多菌灵600倍至800倍液喷洒或代森锌可湿性粉剂600倍液喷洒，也可在清明前后喷施波尔多液来防治。
2.虫害防治萱草的主要虫害是红蜘蛛、印度修尾蚜和蜗牛。
对于印度修尾蚜，防治技术为：铲除杂草，剪除残枝败叶，特别是有虫的叶片；黄色薄型塑料板粘虫板诱杀有翅蚜；注意保护天敌，如瓢虫、草蛉等。天敌数量多时，尽量少用广谱性农药，选用适合的生物农药，如使用1.2%苦烟乳油800倍至1000倍液喷雾；发生量大时要及时喷药，可用2.5%敌杀死2500倍至3000倍液，6%吡虫啉3000倍至4000倍液等其中一种进行叶面喷雾，喷时注意安全。
对于红蜘蛛，其方法为：搞好预测预报，及时检查叶面叶背，最好借助于放大镜进行观察，发现叶螨在较多叶片为害时，应及早喷药。防治早期为害，是控制后期猖獗的关键；去除病虫枝及清除杂草，集中烧毁；夏季螨量不大时，可喷清水冲洗；虫害发生严重时，用1.8%阿维菌素乳油7000倍至9000倍液均匀喷雾防治；或使用15%哒螨灵乳油2500倍至3000倍液均有较好的防治效果。忌用敌敌畏杀灭螨类，敌敌畏对螨类有刺激增殖的作用。不要用菊酯类农药，它对螨类无效；保护天敌，如瓢虫、草蛉等。
对于蜗牛，其方法为：铲除杂草，并撒上生石灰粉，以减少蜗牛的滋生地；在大花萱草地上撒石灰带，毒杀蜗牛；每100平方米用6%蜗克星颗粒剂50克至100克。也可每100平方米用6%蜗克星颗粒剂50克至100克，混合砂土1.5千克至2.5千克均匀撒施，使蜗牛易于接触药剂。或与豆饼粉、玉米粉制成毒饵，于傍晚施于蜗牛出没处诱杀；人工捕捉成贝和幼贝，或用树叶、杂草、菜叶等先作诱集堆，天亮前蜗牛潜伏在诱集堆下，再集中捕捉。
