关于马褂木树洞是否填充或开口的问题，历来就有争议。
填充究竟有什么意义呢?反对填克树木的认为填充既不能清除腐烂部分，又不能墙住伤口，相反，只会在树木和填充物之间的空隙处给害虫和有害鸟兽提供适宜的生活条件。因树木和填充物之间不能完全结合，这里温度低，空气流通不畅，缺乏阳光照射，适宜于细菌的繁殖并对树木造成伤害，但却不易察觉。如使用类似水泥的硬质填充物，它不会随着树木在风中摇动而移动，更无法参与树木的生理过程。并且树木一般是白天径向收缩，而大多数填料则是白天膨胀，夜间则与此相反。这样，填料与树木之间的可见孔隙随昼夜的变化而变化。这些微小的空隙同样为真菌抱子入侵树木创造了机会。
消毒与涂漆
马褂木树洞处理的最后一道重要程序是消毒和涂漆。树木外漏的木质部，都要用石碳酸、硫酸铜或氯化乘消毒。带消毒剂晾干以后，要将整个伤口面涂以敷料。完成上述工作后，所有工具都要仔细消毒，以免发生继发感染。
