松果菊抗病虫害能力较强，因此病虫害较少。主要是以下几种病虫害。
1.根腐病：根腐病也叫黑茎病。松果菊感染病害后，植株上部叶片出现萎蔫，甚至整株叶片干枯，病情严重时，根部变成褐色，直至全株死亡。防治这种病害常用的方法是：采用40％敌磺钠可湿性粉剂1000倍液喷雾或浇灌病株，每隔3-5天喷施一次，喷施2-3次即可见效。
2.黄叶病：当松果菊感染黄叶病时，植株叶色变黄，有的卷曲，生长缓慢，植株矮化，花朵出现畸形，颜色变浅。这种病害的特点是：植株在第1年染病后，第2年才会发生症状。我们应提前进行防治，通常喷施50%多菌灵可湿性粉剂500倍液或75%百菌清可湿性粉剂600倍液，每隔7-10天喷施一次，连续喷施2-3次。当发现病植株大部分枯黄时，要及时拔除，并集中销毁，避免病情扩散。
3.菜青虫：菜青虫啃食松果菊叶片，造成叶片孔洞，影响植株的生长发育。发现菜青虫时可用2.5%高效氟氯氰菊酯乳油1000倍液进行喷雾防治，每隔7天喷施一次，一般喷施2-3次就可以了。
4.松果菊花叶病(purple coneflower mosaic)
幼叶现浓绿与淡绿相间花叶状。成株发病新叶呈黄绿相嵌状花叶，病叶小略皱缩，严重时叶片反卷，病下部叶片逐 渐黄枯。
