金鱼藻为多年生沉水草本;茎长40-150厘米,平滑,具分枝。叶4-12轮生, 1-2次二叉状分歧,裂片丝状,或丝状条形,长1.5-2厘米,宽0.1-0.5毫米,先端带白色软骨质,边缘仅一侧有数细齿。花直径约2毫米;苞片9-12,条形,长1.5-2毫米,浅绿色,透明,先端有3齿及带紫色毛;雄蕊10-16,微密集;子房卵形,花柱钻状。坚果宽椭圆形,长4-5毫米,宽约2毫米,黑色,平滑,边缘无翅,有3刺,顶生刺(宿存花柱)长8-10毫米,先端具钩,基部2刺向下斜伸,长4-7毫米,先端渐细成刺状。花期6-7月,果期8-10月。